Для визуального сравнения файлов PDF я использую программу DiffPDF. Бесплатная, не требует установки (portable), под Windows XP/Vista/7/8/10. Последняя версия программы — v.2.1.3 от 2013 года.
Сравнить два файла можно по символам (Characters), по словам (Words) или по внешнему виду (Appearance).
Загрузите два PDF-файла для сравнения, File #1 и File #2, установите режим сравнения, нажмите кнопку Compare.
Найденные различия выделяются цветом. Для просмотра многостраничных файлов используйте стрелки влево/вправо.
Пример № 1. Различия при сравнении по словам.
Пример № 2. Различия при сравнении по внешнему виду.